Hope

现在希望在机器A上免密码连接至机器B，可通过如下两种方式进行操作：

这是微信里2015年收藏的一篇文章，列出了中文小说阅读快感排行榜Top30。转载至此，以作备份。

使用Gromacs进行分子动力学模拟之后，有时我们需要从轨迹文件中提取两个group之间的静电和范德华相互作用，可以使用如下方法： 下面以计算128号残基和228号残基之间的相互作用为例，介绍本人曾尝试过的三种方法及遇到的问题。

今天编译软件的时候，遇到如下报错：

1
2

/bin/ld: cannot find -lsqlite3
collect2: error: ld returned 1 exit status

通常，在aMD完成之后还需要对得到的反应坐标的分布进行reweighting，从而得到无偏的自由能估计。

传统的分子动力学模拟时间尺度一般在数百纳秒，难以捕捉到动辄在微秒甚至毫秒尺度说方能观测到的生物过程。本教程便是通过在Amber中使用aMD来研究BPTI在微秒尺度上的构象转变，并与DE Shaw发表的毫秒尺度的常规动力学进行比较。

在分子动力学模拟中，精准的力场和高效的采样始终是研究的热点问题。aMD(accelerated molecular dynamics，加速分子动力学)便是由UCSD的McCammon group提出的一种增强采样的方案。

　　Bio3D是一款依托于R语言的工具包，能够分析生物大分子的序列，结构和模拟结果等数据。本文将记录Bio3D中"md"这个demo的运算流程。

　　常见的分子动力学模拟软件包括Amber，Gromacs，Namd，openMM等，不同软件运行之后产生的轨迹文件格式不尽相同，而某些分析模块则只能处理特定格式的轨迹文件，因而需要一款足够稳健的工具来转换不同的文件格式，比如mdconvert。现将其使用方法记录于下，以作备忘：

R是统计学中常用的分析和画图工具，Bio3D等轨迹处理软件需要预先安装R。然而在服务器集群上安装R-3.4.2时，会遇到软件缺失或版本过低等问题。故将科学网上的一篇博客里介绍的方法搬运至此，以作备忘。