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　　进行分子模拟时，通常会使用Pymol，VMD等软件进行可视化。相较于VMD，Pymol更容易入门，同时在网上也能找到大量的Pymol教程。入门之后，我们必须学会Pymol的命令行操作，一方面提高了工作效率，另一方面也能够更加全面的利用到Pymol丰富、完善的功能。

在基于结构的药物设计中，一个重要步骤是预测蛋白的结合位点。PlayMolecule平台提供了一个在线工具DeepSite能够实现这一功能。

在进行分子模拟之前一般需要对蛋白的结构进行优化，包括确定质子化状态和优化氢键网络等。PlayMolecule平台的ProteinPrepare所提供的交互式和命令行工具（需下载离线版本）能够实现这一功能。

在分子动力学模拟之前，通常需要对蛋白的结构进行预处理，如补全残基等。使用斯坦福大学 Pande 课题组的小工具 PDBFixer 便能通过 GUI 或者命令行轻松解决这一问题。

surflex 2.7 包括surflex-dock 和 surflex-sim. The former combines a refined descendant of the Hammerhead scoring function coupled with the alignment/conformation optimization proce-dures implemented for morphological similarity. The latter addresses aspects of computational drug design in the absence of a protein structure.

Matplotlib是Python的一个工具包，提供了丰富的数据绘图工具，主要用于绘制一些统计图形。

　　Matplotlib是Python的一个工具包，提供了丰富的绘图方案，主要用于绘制一些统计图形。现将网络上多个学习Matplotlib的总结搬运至此，留作备忘。

　　Numpy是Python的一个工具包，提供了丰富的科学计算接口。现将网络上多个学习Numpy数组的总结搬运至此，留作备忘。

在Notepad++默认的字体中，数字1和字母l显示极为相近，因而有必要换用其它字体。现将网上更改Notepad++主题和字体的内容搬运至此。

Linux shell中执行echo 1+1的输出结果是1+1, 而非2。如果想输出2, 可以使用如下方法: