gitbook既是一个工具, 同时还具有同名的网站。 在本地安装gitbook-cli即可将markdown文件汇集成电子书, 并输出为pdf, html, epub, mobi等格式。完成上述步骤之后, 即可将本地创建的电子书发布到同名网站gitbook上, 供他人阅览、交流。

使用autodock (vina) 对接之后，小分子只保留了极性氢(由对接软件猜测的)，而碳上面的氢原子并未保留。而进行MD又需要小分子上的所有氢原子，故需要将小分子上面的氢原子补全。

从李继存和sob老师的博客得知，TPPMKTOP是构建小分子OPLS-AA力场文件的一款不错的工具，但是其在线服务器并不太好用。同时在bitbucket上也有此工具的源码，于是便下载并在本地安装，现将编译过程遇到的问题记录如下:

模拟之前打算将小分子随机摆放在距离蛋白表面5Å的壳层上, 经人指点得知Packmol可以用来完成这个工作.从李继存老师的博客上整理了Packmol的基础知识, 故搬运至此, 以作备忘.

基础知识

输入文件格式

第一个关键字指定要进行的 action，然后是对应的参数，可以是单个参数(eg. NOPBC 告诉plumed在计算cv时不使用周期性边界条件)或者参数后面接等号和内容(eg. ATOMS=1,2,3,4 告诉plumed在计算cv时使用1-4号原子)。

本文内容源自维基百科上对Metadynamics的介绍。 Metadynamics (MTD; also abbreviated as METAD or MetaD) is a computer simulation method in computational physics, chemistry and biology.

李继存老师在其博客上对小分子及非标准氨基酸等力场的构建、转换做了详细的描述，故将其内容搬运整理至此，以作备忘。

最近打算分析一下分子动力学模拟中，蛋白相互作用对不同力场的依赖性。收集资料时发现李继存老师在其博客上对力场的选择及小分子力场的构建、转换做了详细的描述，故将其内容搬运整理至此，以作备忘。 关于小分子力场的设定，会在后续文章中进行详细描述。

最近看了摆渡人，里面一些不错的句子，摘录如下：

今天是春节假期回来后第一天上班，新学期新起点，希望这学期能够集中精力做出点有用的东西。